חוקרים השיגו התקדמות משמעותית בריצוף גנומי של משפחת זבובי הפירות, דרוזופילה, על-ידי ריצוף 179 מינים, כולל זבובים פראיים, משומרים במוזיאונים, ומגודלים במעבדה. באמצעות גישה היברידית לריצוף, הם יצרו גנומים באיכות גבוהה ובעלות נמוכה
חוקרים השיגו התקדמות משמעותית בריצוף גנומי של משפחת זבובי הפירות, דרוזופילה, על-ידי ריצוף 179 מינים, כולל זבובים פראיים, משומרים במוזיאונים, ומגודלים במעבדה. באמצעות גישה היברידית לריצוף, הם יצרו גנומים באיכות גבוהה ובעלות נמוכה.
החוקרים השתמשו בגישה היברידית לריצוף DNA מזבובים פראיים וממוזיאונים.
הרחבת אופקי הגנום במחקר על זבובי פירות
נתוני רצפי גנים רבים ממלאים פערים משמעותיים בעץ החיים של זבובי הפירות, כך מדווחים היום (18 ביולי) ברנרד קים מאוניברסיטת סטנפורד ועמיתיו בכתב העת הפתוח PLOS Biology.
זבובי הפירות הם אורגניזמים מודליים קלאסיים במחקר ביולוגי והיו בין המינים הראשונים שהגנום המלא שלהם רוצף. עם למעלה מ-4,400 מינים, המגוון של משפחת זבובי הפירות יכול להציע תובנות על דפוסי האבולוציה ותהליכיה. עם זאת, רק חלק קטן ממינים אלו רוצף, ורוב הגנומים של זבובי הפירות שהתפרסמו הם ממערך מוגבל מאוד של מינים עם זנים מעבדתיים מנוונים.
כדי להתמודד עם זה, החוקרים ריצפו את הגנומים של 179 מיני זבובים במשפחת דרוזופילה, כולל זבובים פראיים שנאספו, דגימות משומרות במוזיאונים וזנים מגודלים במעבדה. באמצעות גישה היברידית לריצוף שמשלבת את הטכנולוגיות החדישות ביותר של ריצוף קצר וארוך, הם הצליחו להפיק גנומים באיכות גבוהה ובעלות נמוכה מחומר מוגבל. הם השתמשו בגנומים החדשים ובנתונים שפורסמו בעבר כדי ליצור עץ פילוגנטי ל-360 מינים במשפחת דרוזופילה, ובכך לשפר את הבנתנו את היחסים האבולוציוניים בין מינים אלו. הם גם פרסמו כמעט 300 גנומים של זבובי פירות ככלי קוד פתוח למחקרי גנומיקה השוואתית עתידיים.
בעוד שמאמצי ריצוף גדולים לאורגניזמים גדולים יותר כמו יונקים נמצאים בעיצומם, מחקר זה מדגים כי ריצוף גנום לאורגניזמים קטנים כמו זבובים בודדים – אפילו אלו ששומרים במוזיאונים עד שני עשורים – אפשרי כיום.
הכותבים מוסיפים, "כעת זה אפשרי לחלוטין לחשוב על הרכבת גנומים למאות או אלפי מינים, אפילו בתקציב המחקר של מעבדה אחת. סוג זה של דגימה רחבת היקף ברמת משפחה יספק לנו רזולוציה חסרת תקדים למחקר גנומים של קבוצות מגוונות כמו זבובי פירות ומעבר לכך, וישפר את הבנתנו את תהליך האבולוציה."
עוד בנושא באתר הידען:
תגובה אחת
למה צריך לחזור על אותו קטע מספר פעמים !!!!