עלינו לרצף גנומים של חולי קורונה ושל מבריאים כדי לשפר את הטיפול ולפתח חיסון

ריצוף ה-DNA יכול לעזור לנו לנבא מי עלול להיות פגיע, ולייעץ להם לנקוט אמצעי זהירות. אולי נוכל להשתמש במידע הזה נגד הנגיף כדי למצוא חיסון, אומרים חוקרים לגנטיקה מבריטניה

מאת: ריצ’ארד באגס, פרופ’ לגנומיקה אבולוציונית, ופרופ’ ריצ’ארד אלן ניקולס, פרופ’ לגנטיקה, שניהם מאוניברסיטת קווין מארי בלונדון. תרגום: חנה רוזנפלדר

מדענים צריכים להתחיל לרצף את הגנום של חולי קורונה. עלינו לחפש הבדלים בDNA בין חולים קשה לבין אלו עם תסמינים קלים בלבד. זה יכול לעזור לנו לנבא מי עלול להיות פגיע, ולייעץ להם לנקוט אמצעי זהירות. אולי נוכל להשתמש במידע הזה נגד הנגיף כדי למצוא חיסון.

יעזור לנו לדעת במיוחד אם ישנם וריאציות מפתח בDNA משותפים למיעוט החולים שהם צעירים וככל ידוע בריאים, אבל חלו בתסמינים קשים של קורונה. זה אולי יאפשר לנו לנבא אלו רופאים ואחיות הם בקבוצת סיכון, כדי שנעביר אותם מהחזית.

מובן שאנחנו עדיין לא יודעים אם ניבויים מדויקים הם בכלל אפשריים. אנחנו אפילו לא יודעים אם הסיכוי של אדם לחלות בתסמינים קשים מקורונה מושפע מהגנים שלו. אבל, אנחנו נוכל לענות על שאלות אלו באופן מהיר וזול אם נשתמש בטכנולוגיית ריצוף DNA נפוצה.

נצטרך לרצף את כלל הגנומים של חולי קורונה שנזקקו לטיפול נמרץ, ולהשוות אותם עם הגנומים של אנשים עם תסמינים קלים. מאחר שיש רק אלפים בודדים של אנשים בכל קטגוריה, נדע די מהר אם יש תועלת בגישה זו.
ייתכן שרק גן אחד או שניים מעורבים. אולי גנים שבורים שקשורים למערכת החיסונים או לשכבה החיצונית של תאי ריאות.. אם כן, נוכל לכלות אותם במהירות באמצעות שיטה שנקראת GENOME WIDE ASSOCIATION STUDY . אם רק מספר קטן של גנים שבורים עושים את כל ההבדל, יהיה אפשר לייצר בדיקה גנטית מדויקת וזולה בקלות.

ייתכן שמעורבים אלפי גנים. אולי תערובת מורכבת שמעורבים בפיזיולוגית הריאות, צורת מערכת הנשימה העליונה ועוד המון דברים שעדיין לא חשבנו עליהם. אם זה המצב, יכול לקחת עשרות שנם לפצח את הקוד. אבל, אנחנו זקוקים לתשובות תוך שבועות או חודשים.

עאן אנחנו יכולים להשתמש במקור השראה לא-צפוי: אנחנו יכולים להצל שיטה שנקרא “חיזוי גנומי”, שיטה שבשימוש מוצלח במשך עשרות שנים בקרב מגדלי צמחים ובעלי חיים, אבל בשימוש מועט ברפואה. השיטה מאפשרת ניבוי של תכונות מורכבות מרצפי גנום-שלם, גם כאשר אנחנו לא מבינים מה הגנים הבודדים עושים.

גישה זו מורידה את הצורך בשנים רבים של מחקר בניסיון להבין בדיוק מה קורה. נוכל להבנות ציון מרצף הגנום – השלם שמנבא את הפגיעות שלהם. נוכל להשיג ציונים אלו במחיר (להערכתינו) של מאות בודדות של ליש”ט לאדם.

בשנה שעברה, יישמנו גישת ניבוי גנומי בעצי מילה, שמתו ממגפה פטרייתית. בהשוואת הגנומים של העצים הבריאים לעומת העצים בתהליכי ריקבון, איתרנו מעלה מ-3,000 נקודות בגנומים שתרמו לפגיעות שלהם. חלקם היו גנים עם פונקציות מוכרות בהגנת המארח, אבל עבור הרבה אחרים, לא היה לנו מושג מה תפקידם. אבל לא היינו זקוקים למידע זה כדי לנבא פגיעות של עצים אחרים ברמת דיוק יעילה.

עלינו לערוך מחקרים דומים על בני אדם וקורונה. מובן שיהיו עניינים מורכבים של פרטיות והסכמה מדעת מאשר במחקרים על עצי-מילה. אך כבר יש ריצוף גנומים לעשרות אלפי גנומים אנושיים ברחבי העולם, וכך ענייני פרטיות והסכמה כבר נבדקו בעבר. עבור חלק מחולי קורונה, הגנום כבר מתועד בבסיס נתונים.

אם נגלה שאפשר לערוך ניבויים מדויקים, האתגרים המוסריים והפסיכולוגיים יהיו חמורים. איפה נכון לבצע בדיקות אלו? האם אנשים ינהגו נכון אם הם בקבוצת סיכון (או לא)? איך זה ישפיע על ביטוחי בריאות? אך ישנם אתגרים חמורים בכל החלטה שנצטרך לקבל במערכה נגד הקורונה.

למאמר ב-The Conversation

נשמח לעזרה בתרגומים בהתנדבות. אנא פנו לעורך האתר [email protected]

עוד בנושא באתר הידען:

• עתיד האנושות בראי נגיף הקורונה: שלושה תרחישים
• ניתוח גנום נגיף הקורונה מגלה כי נוצר מהכלאה בין שני נגיפים
• חוקרת מהאוניברסיטה העברית: הנגיף החדש שינה את פניו בהשוואה לסארס ויהיה קשה לנטרול