כזכור, מדענים הצליחו לתכנן ולייצר אנזים מלאכותי, שגם עבר “אבולוציה במבחנה”. בפרויקט שותפים חוקרים ממכון ויצמן ומאוניברסיטת וושינגטון בסיאטל
אנזים הוא זרז (קטליזטור) ביולוגי. זוהי מולקולת חלבון העשויה “מחרוזת” של חומצות אמינו, המתקפלות ליצירת מבנה תלת-ממדי מוגדר. צוות החוקרים ניגש, בשלב ראשון, לעצב את ליבה של המכונה – “האתר הפעיל” – שבו מתבצעת התגובה הכימית. התפקיד אותו הועידו המדענים לאנזים החדש הוא סילוק פרוטון (אטום מימן טעון חיובית) מאטום פחמן. לשם כך יצרו מערך הכולל חומצת אמינו שתפקידה “לקטוף” את הפרוטון, וחומצות אמינו נוספות המזרזות את תהליך העברת הפרוטון.
השלב הבא בתהליך היה תכנון שלד האנזים, כלומר קביעת הרצף של כ-200 חומצות האמינו המרכיבות את החלבון. לכאורה, מספר הדרכים לסדר חומצות אמינו מ-20 סוגים שונים, במחרוזת המורכבת מ-200 יחידות, הוא כמעט אין-סופי. אך למעשה, רק מספר מצומצם של אפשרויות אכן בא בחשבון, משום שרצף חומצות האמינו קובע את המבנה המרחבי של האנזים, ולכן גם משפיע על פעילותו. פרופ' דוד בקר מאוניברסיטת וושינגטון בסיאטל השתמש בשיטות ממוחשבות לסריקת עשרות אלפי רצפים אפשריים, ואיתר כ-60 מבנים אשר מסוגלים לתמוך באתר הפעיל שתוכנן.
שמונה מהם עברו בהצלחה משלב המודל הממוחשב לשלב החלבון במבחנה, ונמצאו פעילים ביולוגית. מתוכם עלו ל”שלב הגמר” שלושת האנזימים היעילים ביותר. ד”ר אורלי דים-בוטבול וד”ר שירה אלבק מהמחלקה לביולוגיה מבנית במכון ויצמן למדע, פיענחו את המבנה המרחבי של אחת ממולקולות האנזימים האלה, ואישרו כי המבנה שנוצר בפועל זהה כמעט לחלוטין לזה שתוכנן ועוצב באמצעות תוכנת המחשב.
בשלב זה, יעילותם של האנזימים החדשים נפלה במידה רבה מיעילותם של אנזימים טבעיים שהשתכללו במשך מיליוני שנות האבולוציה. כאן יכול היה המחקר השאפתני להיתקל בקושי משמעותי, אלא שפרופ' דן תופיק ותלמידת המחקר שלו, אולגה חרסונסקי מהמחלקה לביולוגיה כימית במכון ויצמן פיתחו שיטה שמאפשרת למולקולות חלבוניות לעבור תהליך של אבולוציה מזורזת, המחקה את האבולוציה הטבעית. שיטה זו מבוססת על גרימת מוטציות אקראיות, וסריקה של מגוון האנזימים שנוצרו, במטרה למצוא את אלה ששיפרו את יעילותם. אנזימים אלה עוברים סבב נוסף של מוטציות, וחוזר חלילה. שבעה מחזורים של “אבולוציה במבחנה” שיפרו את יעילותם של האנזימים החדשים פי 200 בהשוואה ליעילותם המקורית, ואיפשרו להם להאיץ את התגובה שנבחרה פי מיליון בהשוואה לתגובה כימית המתחוללת ללא אנזים.
כך, לדוגמה, מוטציות באיזור המעטפת של האתר הפעיל, גרמו שינויים מרחביים קטנים במבנה האתר שתיקנו פגמים בתכנון הממוחשב של מיקום חומצות האמינו באתר הפעיל. כן התברר, כי תיקון פגמים זעירים, ברמות של מיליונית המילימטר, השפיע רבות על קצב מעבר הפרוטון. מוטציות אחרות הגבירו את הגמישות של האנזים, וכך סייעו לשחרור מהיר יותר של התוצר מהאתר הפעיל.
“שילוב הטכנולוגיות – קביעת מבנה באמצעות תכנון ממוחשב, ותהליך אבולוציוני במבחנה – פותח אופקים חדשים בייצור אנזימים מלאכותיים” אומר פרופ' תופיק. “הודות למחקר זה אנו מבינים יותר את המבנה ודרכי הפעולה של אנזימים. הבנה זו תאפשר תכנון וייצור של אנזימים ליישומים שהטבע לא “חשב” עליהם, כמו פירוק רעלים, ייצור תרופות, ותהליכים רבים נוספים”.
2 תגובות
אפשר לפרסם עוד על השיטה של אבולוצית מבחנה?? שמעתי על שיטה דומה לשיפור תוכנות, שגם בה יצרו מוטציות ובחרו את הטובות בכל פעם.
נראה שהמחקר הזה הוא פורץ דרך ,ואנזימים מתוכננים יכולים לשמש במבחר תחומים כמו איכות הסביבה,דלקים ביולוגים ותרופות.
בנוסף יגדל מאוד הידע על מנגנוני הפעולה של אנזימים קיימים