שגיאה בחיזוי מבנהו של חלבון נחשפה ע"י שיטה חדישה

כלי חדש בתחום הביואינפורמטיקה מסוגל לגלות ולתקן פרשנות חריגה, חסרה ושגויה של חלבונים במסדי-נתונים פומביים. הכלי החדש, המכונה MisPred, מתואר בכתב-העת לביואינפורמטיקה BMC Bioinformatics ומשתמש בחמישה עקרונות בכדי לזהות חלבונים חשודים בהיותם חריגים או שגויים

לאסלו פאטי (László Patthy) הוביל צוות מחקר מהמכון לאנזימולוגיה של האקדמיה ההונגרית למדעים בבודפשט, אשר פיתח את השיטה החדישה. הוא מסביר את הצורך בה: "מחקרים מעודכנים הראו כי כמות משמעותית של גנים אוקריוטיים נחזים באופן שגוי בשלב השעתוק. מאחר ותהליך ה- MisPred מסוגל לאבחן רבות משגיאות אלו, ולסייע בתיקונן, אנו מניחים כי הוא ישפר באופן ניכר את איכות המידע בדבר רצף החלבון, מידע המבוסס על תחזיות גנים". התהליך אמור לחסוך בזמן ובמאמץ אשר יכלו להיות, אחרת, מכוונים לזיהוי שגוי של הגנים המתאימים.

השיטה מבוססת על חמישה כללים:
1) חלבונים חוץ-תאיים (Extracellular) או חוצי-קרומים (transmembrane) חייבים להגיב לאותות מופרשים המתאימים להם.
2) חלבון בעל חלק תוך- או חוץ-תאי חייב להכיל מקטע חוצה-קרומים.
3) לא ייתכנו מתחמים (domains) חוץ-תאיים וגרעיניים (nuclear) באותו החלבון.
4) מספר חומצות האמינו של פריטים קרובים בתוך אותה המשפחה של מתחמים גלובולאריים חייב להשתרע בטווח צר יחסית.
5) החלבון חייב להיות מקודד ע"י אקסונים הממוקמים באותו הכרומוזום.

ייתכנו מספר סייגים לכללים אלו, כפי שמסביר החוקר Patthy: "לחלק מהחלבונים המפרישים ייתכן ולא יהיו אותות פפטידיים מופרשים. באופן דומה, לא ניתן לשלול על הסף, כרגע, את האפשרות שיתקבלו כימרות המורכבות מיותר מכרומוזום אחד שתהיינה בעלות פעילות פיסיולוגית תקינה. אולם, לאור העובדה כי הפעלת השיטה על זיהוי רצפי-חלבונים ממסד הנתונים Swiss-Prot הביאה לחשיפת מספר מועט של סייגים כאלו מעידה כי הכללים תקפים ברובם המוחלט של המקרים".

החוקרים גילו כי העדר קיומם של חלבונים מאותתים שנחזו מראש והפרה של שלמות המתחמים היו האחראיים לרוב התחזיות השגויות.

קישור למאמר המדעי