כיום המועצה המפעילה למעלה מ-100 מומחים בוועדות משנה לקביעת סדרי עדיפויות לאומיות כפופה למשרד המדע, שאמור להיות מבוקר על ידה
יו"ר המועצה הלאומית למחקר ולפיתוח (המולמו"פ), פרופ' עודד אברמסקי, יחד עם 15 חברי המועצה אשר כמוהו נתמנו על ידי נשיא המדינה, דורשים כי הכנסת והממשלה, יקבלו החלטה לאלתר להכיר בעצמאות המועצה ולהקנות לה מעמד של תאגיד, או לחילופין, להעתיק את פעילותה למשרד ראש הממשלה.
הדרישה החד משמעית עולה לאחר שהמולמו"פ הוכפפה למעשה למשרד המדע, כאשר שר המדע דאז, ראלב מג'אדלה הפך את תקציב המועצה לסעיף בתקציב המשרד. כתוצאה מכך נפגעה עצמאותה של המועצה ותפקודה נפגם בצורה מהותית. בחוק המולמו"פ (נובמבר 2002) נקבע מפורשות כי "הבטחת ראיה לאומית כוללת ואובייקטיבית, החורגת מתחומי פעולתם של משרדי הממשלה, מותנית בהקניית מעמד סטטוטורי בלתי תלוי למועצה, וללא כפיפות למשרד ממשלתי כלשהו". השר הקודם אף התחייב באופן רשמי בישיבת המולמו"פ ב-31.10.07, ובישיבת ועדת המדע והטכנולוגיה של הכנסת ב-27.11.07, כי יפעל להפוך את המועצה לתאגיד, אולם הוא לא עמד בהתחייבותו.
הכפיפות למשרד המדע במצב שבו למועצה אין מעמד של תאגיד עצמאי, גורמת באופן מתמשך למניעת התפקוד העצמאי ולעבודתה השוטפת של המולמו"פ, ולכן גם לקשיים חמורים ביכולת המולמו"פ לקדם את המחקר והפיתוח ברמה הלאומית ברוח החוק.
חה"כ מאיר שטרית, היו"ר הנוכחי של וועדת הכנסת למדע וטכנולוגיה, השתכנע בעמדת המולמו"פ, והניח על שולחן הכנסת הצעת חוק להפיכת המועצה לתאגיד.
מאז היווסדה, הקימה המועצה 14 ועדות לאומיות וועדות-משנה, שבהן לוקחים חלק דרך קבע למעלה מ-100 אישים המובילים מתחומי האקדמיה, המגזר הציבורי, והתעשייה מכ-40 ארגונים שונים. הוועדות עוסקות במדיניות מו"פ, בהקמת מערך נתונים לאומי למו"פ, במו"פ הממשלתי, במכוני המחקר ובמדענים הראשיים, בתשתיות מחקר, בקשרי מו"פ בינלאומיים, בקשרי אקדמיה-תעשיה, במדעי החיים והרפואה, באנרגיה, ובתיאום מו"פ בטחוני ואזרחי.
בראש המועצה עומד מאז ספט' 2007 פרופ. עודד אברמסקי (M.D. ,Ph.D.), שהינו פרופסור לנוירולוגיה בבית החולים הדסה ובאוניברסיטה העברית.
ד"ר רוני דיין, מנכ"ל המועצה הלאומית למחקר ולפיתוח, אמר לאתר הידען, כי המולמו"פ חייבת להיות על-משרדית. עם זאת, הדגיש, כי אם לא תתקבל ההצעה להפוך את המועצה לתאגיד סטטוטרי – כמו האקדמיה הלאומית למדעים, מוכנים במועצה לפשרה למעבר למשרד ראש הממשלה, ושם להצטרף למועצה לביטחון לאומי ולמועצה לכלכלה וחברה.
"אנו מתקרבים לדקה התשעים", קובע ד"ר דיין. "חבר הכנסת מאיר שטרית לקח על עצמו להעביר את הצעת החוק במליאה הקרובה. כמובן שאם משרד המדע יצטרף לקריאה להפוך אותנו לתאגיד, הצעת החוק תהווה שינוי לחוק הנוכחי, שהופך אותנו לתאגיד של משרד המדע. זאת הדרך היחידה לצאת מן הפלונטר הנוכחי בכבוד, כי האלטרנטיבה הנוספת היחידה היא פניה למשרד ראש הממשלה".
