נפגשתי עם דר’ רועי וידבסקי כדי לשאול אותו מה עושים שם באוניברסיטה.
רועי הוא פוסט-דוקטורנט במחלקה למיקרוביולוגיה מולקולארית וביוטכנולוגיה באוניברסיטת תל-אביב. הוא עובד במעבדתו של דר’ אביגדור אלדר ועיקר עניינו הוא תקשורת בין חיידקים. רועי ואשתו חולקים את ביתם עם חיות מחמד רבות, ובזמנם הפנוי נהנים לרקוד ריקודים סלוניים.
רועי, אז מה אתם עושים שם?
הנושאים העיקריים שבהם עוסקת המעבדה הם האבולוציה וההתפתחות של התקשורת בין חיידקים. בעבר היה נהוג לחשוב שחיידק הוא תא בודד שדואג לעצמו ואינו מקיים אינטראקציה עם חיידקים אחרים, אך היום ברור שחיידקים ‘מדברים’ אחד עם השני. השפה של חיידקים היא שפה פשוטה מאוד המתבססת על שליחה וקליטה של מולקולות קטנות. השפה הזאת מאפשרת להם להתנהג בצורה חברתית, כלומר חיידקים יודעים לזהות אחד את השני בתוך הקבוצה ולפעול למען הכלל.
האם ישנה דוגמה מוכרת להתנהגות חברתית של חיידקים?
כן, קח לדוגמה את הפלאק בשיניים שכולנו מכירים ולא אוהבים (ע”ע קריוס ובקטוס). הפלאק הוא אחת הדוגמאות למשהו שנקרא ביופילם (ראו איור 2). ישנם חיידקים מסוגים מסוימים שנדבקים אל משטחים, ואז בעקבות התקשורת ביניהם הם מזהים אחד את השני ומתאגדים ביחד למבנה רב תאי. במבנה זה חיידקים שונים באזורים שונים מקבלים על עצמם תפקידים שונים. חלקם מייצרים מזון, חלקם מהווים מעטפת שמגינה עליהם מפני חומרים אנטיביוטיים וישנם גם תפקידים נוספים. ניתן למצוא ביופילם גם על פילטרים, על מדחפים של אוניות, במכוני שפכים ועוד.
Staphylococcus_aureus_biofilm
.
חשוב לצחצח שיניים! כעת בוא נחזור אליכם למעבדה, ספר לי על העבודה.
יש בקבוצה שני כיווני מחקר ראשיים: אבולוציה והתפתחות.
אחד הנושאים שמעניינים אותנו למשל בהיבט האבולוציוני הוא יחסי הגומלין בין ‘יצרנים’ ל-‘רמאים’. מדובר בתתי-אוכלוסיה בתוך אוכלוסיות של חיידקים. חיידקים ‘יצרנים’ הם כאלה המפרישים חומרים שנחוצים להשגת מזון מהסביבה. חיידקים ‘רמאים’ הם כאלה שנהנים מהתוצרים אך לא מייצרים את החומרים בעצמם. אנחנו מעוניינים להבין את יחסי הגומלין בין שני סוגי האוכלוסיות והיכן נמצאים היתרונות האבולוציוניים במערכת.
בנושא ההתפתחות אנחנו מנסים לאפיין מערכות תקשורת ולהבין איך הן פועלות במצבים שונים של התנהגות חברתית של חיידקים.
תוכל לתת דוגמה?
כן, בוא נדבר על ‘swarming’. כאשר חיידקים, למשל מסוג Bacillus subtilis (ראו תמונה 2) שמשמש אותנו כמודל מחקר, נמצאים על מצע חצי-מוצק, נניח סוג של ג’ל, ומרגישים שבסביבתם כבר אין שפע של מזון הם מתאגדים יחדיו ומחליקים להם למקום טוב יותר. חיידק יחיד אינו יכול לשפר עמדות בצורה כזאת לבדו. בתהליך זה מספר רב של חיידקים מפרישים חומר סיכה העוזר להחלקה. כיום עדיין לא ברורה חלוקת התפקידים בתוך אוכלוסיית החיידקים בתהליך הזה. כמו כן, לא ברור אילו גנים מעורבים בתהליך, מה התפקיד שלהם ומתי הם פועלים.
Bacillus_subtilis
כדי לעקוב אחרי רמות ביטוי של גנים מסוימים (כמה חלבונים נוצרים) בזמן פעילות חברתית שינינו אותם כך שבזמן פעולתם הם מייצרים גם חלבון פלואורסנטי שאותו ניתן לראות תחת מיקרוסקופ מתאים. את החיידקים אנחנו מגדלים על מצע של מזון תחת עינו הבוחנת של המיקרוסקופ. בצורה זאת אנחנו יכולים למפות את עוצמת הביטוי של הגנים בזמן ובמרחב תוך כדי תהליך ה-swarming, ולראות באילו חיידקים ובאיזה שלב של התהליך מתבטאים אותם גנים.
כיצד מתבצעת תקשורת בין חיידקים?
חיידקי ה- Bacillus בהם אנחנו משתמשים מייצרים חלבונים קצרים הקרויים פפטידים שאותם הם מפרישים החוצה. לחיידקים יש גם את היכולת לחוש את הימצאותם של אותם פפטידים באמצעות קולטנים שאליהם הם נקשרים וגורמים להפעלה של גנים. כלומר יש בחיידק רכיבי שידור וקליטה. אותם ‘רמאים’ למשל שהזכרנו קודם הם חיידקים שמסוגלים להפריש אבל לא לקלוט עקב קולטנים פגומים. הם בעצם ‘חרשים’ ולכן אינם מתנהגים כמו שאר האוכלוסיה.
ספר לי על אחד הפרויקטים שאתה עובד עליהם
אני מעוניין לייצר מערכת תקשורת סינטטית שתשמש אותנו ככלי עבודה ותהיה נוחה וקלה יותר לתפעול אך עדיין תאפשר מחקר של סוגיות הקשורות לתקשורת אמיתית בין חיידקים. הרעיון הוא לייצר שלושה וריאנטים של אותו חיידק Bacillus subtilis שהזכרתי קודם. אחד שרק משדר, אחד שרק קולט ואחד שיכול לבצע את שתי הפעולות.
כדי לייצר את שלושת הוריאנטים מבלי לפגוע בגנים הטבעיים של החיידק השתמשתי בטכניקות של הנדסה גנטית כדי להשתיל מערכת תקשורת (גנים לקולטנים וגנים לייצור הפפטידים) מקרוב משפחה שלו – Bacillus cereus. כלומר ייצרתי אוכלוסיה שיש בה רק משדר ואוכלוסיה שיש בה רק מקלט. מכיוון שגם המשדר וגם המקלט נלקחו מחיידק אחר אין ערבוב של האותות או ‘דיבור’ בין המערכת המקורית למערכת המושתלת.
ואם כבר השתלנו מערכת, למה שלא נכניס בה כמה שיפורים. המערכת המושתלת מייצרת חלבונים פלואורסנטיים בזמן קליטה, ויש בה גם כפתור ווליום לעוצמת השידור. בנינו אותה כך שאנחנו יכולים לשלוט על קצב ייצור הפפטידים בצורה חיצונית באמצעות הוספה של סוכרים מסוימים. החיידקים והמערכת שייצרנו אינם קיימים בטבע ולכן נקראים ‘סינטטיים’.
ואחרי שייצרת את המערכת, האם היא מוכנה לפעולה?
לא, מה פתאום. צריך לאפיין ולכייל את האלמנטים המרחביים שלה כך שתתאים לניסויים אותם אנחנו מעוניינים לבצע, או לחלופין, יש להבין אילו שאלות ניתן לחקור בעזרתה.
למה אתה מתכוון?
נניח לדוגמה שיש לי חיידק שמפריש סיגנל. המולקולות המופרשות מתפשטות בתהליך של דיפוזיה. אם אני רוצה לבצע מחקר באמצעותו אני חייב לדעת מה אופי התפשטות האות בזמן ובמרחב, כלומר לדעת מהי עוצמת האות (ריכוז מולקולות) במרחקים שונים מהמשדר כתלות בזמן ולחפש תנאים מתאימים לעבודה (שלא יהיה מהיר מידי למשל).
תחת המיקרוסקופ אנחנו מחפשים את האור הפלואורסנטי שנוצר כאשר אות השידור (פפטיד) נקלט על ידי חיידק מקלט. כך אנחנו יכולים למדוד מתי נוצרת הארה, מה עוצמתה ומה המרחק שלה מהחיידקים המשדרים. ככל שהקולטן רחוק מהמשדר כך נצפה שעוצמת ההארה תהיה נמוכה יותר מכיוון שפחות פפטיד הגיע אליו (ראו איור 3).
כאשר כלי המחקר יהיה מוכן נוכל להשתמש בו כדי לשאול את השאלות שמעניינות אותנו. נוכל למשל לעקוב אחרי פעולת גנים הקשורים להתנהגות חברתית ולראות איך רמות ביטוי שונות שלהם משפיעות על האוכלוסיה (התפתחות), או לבדוק את ההשפעה של ריכוזי רמאים באוכלוסיה (אבולוציה).
——————————————————————
אני אשמח להפגש ולשוחח עם כל תלמיד מחקר (אולי אתם?) שמוכן להשתתף ולספר לי קצת על מה הוא עושה (והכול במחיר של שיחה לא יותר מידי ארוכה). תוכלו ליצור איתי קשר דרך טופס יצירת קשר.
זה הזמן לספר לכולם מה אתם עושים, אולי הפעם הם גם יבינו 🙂
