אוניברסיטת אילינויס בשיקאגו והמרכז לאנליזות גנומיות בנורוויץ’ בריטניה, מאיצים גילוי תרופות ואנליזות של בעיות מסובכות בסיוע מחשבי HPC של SGI
חוקרים במרכז לביוטכנולוגיה תרופתית ב- UIC עובדים על פיתוח אמצעי ריפוי חדשים הממוקדים במחלות מדבקות, בסיוע מחשבי HPC (מחשבים עתירי ביצועים) או מה שעד לא מזמן כינו מחשבי על, של חברת SGI.
הגילוי של רכיבים כימיים חדשניים היוצרים את הבסיס עבור הפיתוח של מבנים מולקולריים של אנטי-מיקרוביאלים חדשים, הנו משימה מפרכת.
“חוקרים במרכז השתמשו בעשור הקודם באשכולות מבוססי SGI IRIX OS, ועכשיו עברו אל פתרון מחשוב עתיר ביצועים SGI UV המופעל ע”י מערכים גדולים של מעבדי Intel Xeon ומעבדים גרפיים (GPUs) של NVIDIA Tesla”, אמר מייקל ג’ונסון, פרופסור ומנהל אמריטוס במרכז לביוטכנולוגיה תרופתית ב- UIC. “אשכולות אלה מספקים גמישות מחשובית בניהול חישובים טוריים ומקביליים, והתאימות קדימה של מערכות SGI אפשרה לנו לפתח ולהרחיב בשקיפות את עוצמת המחשוב שלנו לאורך השנים, ולעמוד במורכבות הגדלה של הבעיות בהן אנו צריכים לטפל”.
בבריטניה מתמחה המרכז לאנליזות גנומיות (TGAC) בגנומיקה וביו-אינפורמטיקה, עם מיקוד בניתוח ופרשנות של גנומים מהצומח, החי והמיקרוביאלי.
צוות ה- TGAC הושק ב-2009, גדל ליותר מ- 50 חברים, כשמחצית מצוות המוסד עובד עם יכולות ביו-אינפורמטיקה לפרשנות, הרכבה ואנליזה של מערכי נתונים הנוצרים מרצפים המאוחסנים במעבדה שלהם.
פול פרטאר, מנהל צוות מחשוב מדעי במרכז לאנליזות גנומיות מסביר: “היתרון העיקרי של שימוש במערכת כזאת הנו היכולת להרכיב ולנתח רצפים גנומיים גדולים ביותר ומורכבים, עם מיליארד רצפים בזיכרון”.
“משפחת SGI UV הופכת במהירות לסטנדרט דה פקטו של התעשייה עבור לקוחות המתמודדים עם אחדים מאתגרי Big Data המסובכים ביותר בעולם בתחום מדעי החיים”, אומר ישראל וינמן, מנהל פעילות SGI בישראל. “הגיוון, הגמישות והסקלאביליות של מערכת UV הם שהפכו את המערכת לפתרון מחשוב ואחסון מושלם עבור אתגרים עתירי נתונים אלה”.
תגובה אחת
אולי מישהו יכול להשוות בין יכולת חברת compugene הישראלית הוותיקה וטכנולוגיה זו, או להציג חומר על החברה הישראלית.