צוות החוקרים השתמש במערכת SGI Altix על מנת לבצע הדמיה הממחישה את אופן פעולת פרוטאז ה-HIV: מולקולה החותכת לחלקים קטנים את שרשרת החלבונים הפרה-ויראליים, מהם מתפתח וירוס בוגר ? כעת, מקווים החוקרים לקבוע כיצד ניתן לתקוף את נגיף ה-HIV על ידי תרופות שימנעו ממנו לבצע את תפקידו
במסגרת הניסיונות הרבים להילחם באיידס, מנסים חוקרים לבחון את התנהגות הנגיף בשלב הראשון להתפתחותו, בו הוא פגיע לתרופות חדשות. בעזרת המרכז הלאומי ליישומי מיחשוב-על (NCSA) וחברת סיליקון גרפיקס (SGI), הצליחה קבוצת חוקרים ממחלקה לביולוגיה מבנית מאוניברסיטת Stony Brook בניו-יורק לעשות בדיוק זאת.
צוות החוקרים השתמש במערכת SGI Altix, המותקנת ב-NCSA, כדי לבצע הדמיה הממחישה את אופן פעולת פרוטאז ה-HIV: מולקולה החותכת לחלקים קטנים את שרשרת החלבונים הפרה-ויראליים, מהם מתפתח וירוס בוגר. באמצעות הדמיית פעולת פרוטאז ה-HIV, מקווים החוקרים לקבוע כיצד ניתן לתקוף אותו על ידי תרופות שימנעו ממנו לבצע את תפקידו, ובכך למנוע לגמרי את התפתחות נגיף ה-HIV.
"אנו משוכנעים שאם נדע כיצד נפתח פרוטאז ה-HIV, נוכל לזהות טוב יותר תרופה חדשה ורגישה יותר", אמר ד"ר קרלוס סימרלינג, מרצה במרכז לביולוגיה מבנית באוניברסיטת Stony Brook. "האתגר תמיד היה בהדמיה ארוכה מספיק שתאפשר לראות כיצד מתבצע שינוי הצורה של פרוטאז".
הדמיות שביצעו חוקרי Stony Brooks הינם המקיפות ביותר שנעשו על פרוטאז ה-HIV ונמשכו 20 אלף שעות CPU על גבי מערכת ה-Altix ב-NCSA. הפרויקט כולו נמשך כשלושה חודשים בלבד, לעומת יותר משנה, הזמן שהיה דרוש לביצוע ההדמיה אם החוקרים היו משתמשים ב-Linux cluster המצוי במעבדתם.
