ניתוח של אלמוגים חיים ומאובנים מאיי גלפגוס מצא כי השונות של מערכת אל ניניו–לה ניניה במזרח האוקיינוס השקט גבוהה כיום ב־36.5% מזו שאפיינה את האלף הפרה־תעשייתי. ההתחזקות נובעת בעיקר מאירועי אל ניניו חזקים ותכופים יותר, ומודלים של אקלים טבעי בלבד לא הצליחו לשחזר שינוי בסדר גודל כזה.