כבר במהלך המחקר התגלו מאות חלבונים חדשים
אבי בליזובסקי
קישור ישיר לדף זה: https://www.hayadan.org.il/compugen281004.html
חברת קומפיוג'ן ואוניברסיטת תל אביב הכריזו היום על פיתוח משותף של שיטה חדשה לניבוי התופעה הביולוגית החשובה הנקראת שחבור חלופי (alternative splicing). כבר במהלך המחקר התגלו מאות חלבונים חדשים הנמצאים כעת בשלבי הערכה ובדיקה ראשוניים לצורך צירופם האפשרי למאגר החלבונים תרפויטיים ודיאגנוסטיים של החברה. המחקר שפורסם בכתב העת – Genome Research הינו פרי שיתוף פעולה בין מדעני קומפיוג'ן ובין הפרופסורים רון שמיר וגיל אסט מאוניברסיטת תל אביב.
השיטה החדשה המוכרזת היום מבוססת על אלגוריתמים של למידה ממוחשבת המשקפים את ההבנה העמוקה של קומפיוג'ן בתהליכי השחבור החלופי. שתי השיטות המקובלות כיום לזיהוי שיחבור חלופי נשענות על ניתוח נתוני ניסויים מעבדתיים של ESTs (Expressed Sequence Tags) או תוצאות ניסויים בשבבי DNA (microarrays). שיטות אלה מבוססות על מדגם בלבד של השחבור החלופי הקיים בגנום, ולכן אינן מסוגלות לנבא חלק ניכר ממגוון החלבונים שנוצרים על ידי שחבור חלופי. לעומתם, השיטה החדשה שפותחה, המבוססת על גנומיקה השוואתית, יכולה לחזות במדויק שחבור חלופי בהסתמך אך ורק על השוואה בין DNA של בני אדם ובין DNA של עכברים.
באמצעות המודל שפותח על ידי מדעני קומפיוג'ן בשיתוף עם הפרופסורים שמיר ואסט, נחזו עד עתה למעלה משלוש מאות ואריאנטים משוחברים חדשים. וכל זאת ביישום ההתחלתי של מודל הלמידה הממוחשבת. מאות ואריאנטים חדשים נוספים צפויים להתגלות ביישומים עתידיים של המודל.
“הפיתוח הזה מהווה דוגמה נוספת למחקר הייחודי המתבצע בקומפיוג'ן המשלב בין מודלים של חיזוי וניבוי יחודיים לבין ניסויי מעבדה, בניגוד לשיטות ניסוייות קונבנציונליות. השימוש במודל השחבור החלופי כבר הגדיל את אוסף החלבונים בעלי פוטנציאל ליישומים תרפויטיים ודיאגנוסטיים מעבר למה שהיה אפשרי באמצעות מערכת ה – LEADSשל קומפיוג'ן המבוססות על נתוניESTs ,” אומר מור אמיתי, נשיא חברת קומפיוג'ן. “לפיכך, אנו צופים כי גילוי זה יאפשר לנו לצמצם באופן מעשי את פערי הידע בין הגנום האנושי וסך כל החלבונים האנושיים על ידי כך שיספק לנו תמונה מלאה יותר של הואריאנטים המשוחברים הקיימים. “
אמיתי מוסיף כי תגלית זו, יחד עם הבנה משופרת של תופעות ביולוגיות חשובות נוספות, מאפשרת לקומפיוג'ן להמשיך ולשפר את הפלטפורמה החישובית ואת מנועי הגילוי אשר מספקים לחברה את הבסיס לגילוי מוצרים דיאגנוסטיים ותרפויטיים.
“פיתוח מרתק זה הוא פרי פרויקט מחקר משותף בין אוניברסיטת תל אביב לחברת קומפיוג'ן,” אומר יצחק קולברג, נשיא רמות ליד אוניברסיטת תל אביב בע”מ, החברה ליישום טכנולוגיות המפותחות באוניברסיטה. “זוהי דוגמה לשיתוף פעולה ייחודי בין האוניברסיטה לתעשייה המועיל למחקר הבסיסי המתבצע באוניברסיטה כמו גם למחקרים ישומיים המתבצעים בתעשייה ובסופו של דבר יוביל להארכת חיים ושיפור בריאותם של חולים ברחבי העולם.”
https://www.hayadan.org.il/BuildaGate4/general2/data_card.php?Cat=~~~988144783~~~227&SiteName=hayadan
